Dominee K. Gravemeijer
Gedurende de Tweede Wereldoorlog gaf De Jong samen met dominee K. Gravemeijer, leiding aan het gezamelijk kerkelijk verzet tegen de Duitse bezetter. Zo vaardigde De Jong een door Titus Brandsma ontworpen verbod uit over het opnemen van NSB-advertenties in de rooms-katholieke dagbladen. Op 21 februari 1943 werd een bisschoppelijke brief in de kerken voorgelezen, waarin het episcopaat de Duitse misdaden sterk veroordeelde. Een bisschoppelijk mandement van 16 mei 1943 ging sterk in tegen de wegvoering en gedwongen tewerkstelling van Nederlanders in het buitenland.
Al in de oorlog ging De Jongs gezondheid zo achteruit dat hij het dagelijks bestuur van het aartsbisdom moest overlaten aan zijn vicaris. Kardinaal Wim Eijk diende in 2017 een aanvraag in bij het Israëlisch herdenkingscentrum van de Holocaust ‘Yad Vashem’ om De Jong te onderscheiden als ‘Rechtvaardige onder de Volkeren’, omdat hij zich tijdens de oorlog openlijk gekeerd had tegen de Jodenvervolging.
Kardinaal Eijk
Eijk trok de aanvraag echter in omdat een naaste medewerker van de De Jong, Felix van de Loo, na de oorlog had geprobeerd om zijn neef en oorlogsmisdadiger Willem van de Loo te redden van het vuurpeloton. Het was op dat moment onduidelijk of de De Jong hiervan wist, noch stond zijn rol tijdens de oorlog ter discussie. Toch was de onrust rond de kwestie genoeg reden voor Eijk om de aanvraag in te trekken. In juli 2020 werd bekend dat er brieven waren opgedoken waarin De Jong schreef niet te willen meewerken aan een gratieverzoek voor Willem van der Loo en twaalf andere terdoodveroordeelden. Hierop werd de aanvraag voor een Yad Vashem-onderscheiding weer opgepakt en nu dus toegewezen.
